"Quan Huyện 9 Tuổi" kể về một vị quan nhỏ tuổi là Trần Văn Kiệt. Bộ phim xoay quanh cuộc sống của Trần Văn Kiệt từ khi được Trần Thanh Vân nuôi dưỡng hồi còn nhỏ và không biết cha mẹ ruột mình là ai. Rồi một ngày, nhà vua cùng với hoàng hậu của mình vi hành thì thấy Trần Văn Kiệt có vết sẹo sau gáy giống như đứa con thất lạc, kết quả của mối tình “chớp nhoáng” giữa vua Càn Long với một kiều nữ tên Trần Thanh Liên trong một chuyến du hành của Càn Long tại huyện Thập Toàn và bắt đầu điều tra thì biết rằng đó chính là hài nhi thất lạc lâu năm của mình. Cậu bé lớn lên thông minh, tinh nghịch nhưng lại là nguồn cơn của những bi kịch trong gia đình. Với tài trí thông minh của mình, cậu được phong làm quan tri huyện năm lên 9 tuổi. Trần Văn Kiệt trở về cung sống cùng với gia đình mà không quên điều tra kẻ đằng sau ám hại mình năm xưa. Dần dần tất cả mọi chuyện cũng được phơi bày. Khi xưa vì muốn con trai của mình là Vĩnh Diễm lên ngôi nên phi tần Phú Nhĩ Nhạc đã rắc tâm hãm hại Trần Văn Kiệt, còn Trần Thanh Vân chính là cung nữ đã bế Trần Văn Kiệt bỏ trốn khỏi cung...
