Ninja Sát Thủ, Ninja Assassins kể về Raizo (Rain), một trong những ninja sát thủ nguy hiểm nhất trên thế giới. Raiza thuở nhỏ là một đứa trẻ đường phố, được tổ chức Ozunu Clan, một tổ chức bí mật mà sự tồn tại của nó dường như vẫn là huyền thoại, nhận về nuôi và huấn luyện để trở thành sát thủ chuyên nghiệp. Nhưng Raizo bị ám ảnh bởi cách đối xử tàn nhẫn của tổ chức đối với bạn mình, Raizo quyết định trốn chạy và biến mất khỏi tổ chức. Raizo chờ đợi, và chuẩn bị thời cơ để trả thù. Tại Berlin, điệp vụ Mika Coretti chộp được manh mối về đường dây chuyển tiền giữa các sát thủ chuyên ám sát chính trị gia và một tổ chức sát thủ bí ẩn từ Viễn Đông. Thừa lệnh của cấp trên, Mika xâm nhập vào hệ thống tối mật và đã phát hiện được sự thật đằng sau những tên sát nhân. Cuộc điều tra của cô đã đẩy cô vào tình thế nguy hiểm: cô trở thành mục tiêu và tổ chức Ozunu Clan đã phái một nhóm sát thủ, dẫn đầu là Takeshi, để bịt miệng cô vĩnh viễn. Raizo đã cứu Mika khỏi những tên sát thủ này, những anh cũng biết tổ chức sẽ không dừng lại cho đến khi trừ khử được cả hai. Bộ phim là cuộc rượt đuổi không ngừng. Lòng tin giữa Raizo và Mika là hy vọng duy nhất để họ sống sót và vạch trần tổ chức Ozunu Clan.
