Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người . Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát , Tứ Linh đã lấy lại “8 biểu tượng thần thánh” mà mình đã ban cho “8 đứa trẻ định mệnh” nhưng điều đó cũng có nghĩa là 8 Digimon của 8 đứa trẻ đó sẽ ko thể tiến hóa lên Ultimate hay Mega được nữa . Vì lợi ích của cả thế giới Digimon , 8 Digimon đó chấp nhận trao trả lại “8 biểu tượng thần thánh” . Sau đó , khác với những gì đã dự tính ,Tứ Linh sau khi thu lại “8 biểu tượng thần thánh” cũng ko thể thoát ra khỏi nơi bị phong ấn . Vào lúc đó ,1 kẻ thù mới xuất hiện tự xưng là “Vua Digimon” – là 1 đứa trẻ đến từ thế giới loài người tên là Ken Ichijouji và bị thế lực tà ác chi phối. Ken lập ra những “ngọn tháp hắc ám” có tác dụng là những chiếc ăngten ngăn cản Digimon tiến hóa và sai khiến Digimon bằng những “vòng đen” làm từ nguyên liệu tạo ra “ngọn tháp hắc ám” . Không còn các nào khác , Tứ Linh sử dụng “8 biểu tượng thần thánh” biến nó thành 8 bộ áo giáp Digimon có thể khiến cho Digimon tiến hóa dưới tác dụng của “ngọn tháp hắc ám” và Tứ Linh cũng tìm ra 3 Digimon thích hợp để sử dụng chúng . Tứ Linh gọi 3 đứa trẻ từ thế giới loài người tới và trao 3 Digimon đó cho họ , cùng với Patamon , Gatomon và chủ nhân của 2 Digimon đó là 2 đứa trẻ định mệnh trong phần 1 . Cả 5 đứa trẻ cùng với 5 Digimon của mình hợp sức chống lại Ken…
