Chuyến bay đêm kể về ba thiếu niên với những cuộc sống, tính cách khác nhau: Yong-joo - một học sinh ưu tú, luôn cố gắng đạt thành tích tốt để vào Đại học Quốc gia Seoul nhưng bản thân cậu luôn phải che giấu việc mình đồng tính, Ki-woong - học sinh cá biệt, là một trong những kẻ giỏi đánh đấm ở trường học và Ki-taek - một tính đồ của truyện tranh, lầm lì và lập dị. Cả ba từng là bạn bè nhưng khi lên trung học Ki-woong bắt đầu tham gia vào băng nhóm Seong Jin. Kể từ đó, chỉ còn lại Yong-joo và Ki-taek. Trong khi Yong-joo luôn bênh vực Ki-taek (người lúc nào cũng bị bắt nạt ở trường học) thì Ki-woong chỉ biết đứng ngoài, điều này làm cả hai người càng xa rời nhau. Trong một lần tình cờ gặp nhau, Yong-joo và Ki-woong nối lại tình bạn xưa, cậu cũng khuyên Ki-woong rời khỏi băng nhóm ở trường và cả hai trở nên thân thiết hơn. Mọi chuyện bắt đầu trở nên phức tạp khi Ki-taek phát hiện ra Yong-joo là người đồng tính, cậu phản bội người bạn thân của mình bằng cách tiết lộ cho mọi người rằng Yong-joo yêu Ki-woong suốt nhiều năm qua, kì thị Yong-ju và gia nhập băng đảng Seong-jin
